Eclipseが使用するメモリ量

-Xms[n]
ヒープの最小サイズ。
-Xmx[n]
ヒープの最大サイズ。

例えば次のように指定します。

java -Xms256M -Xmx512M foo.bar.Main

Eclipseで指定する場合、JavaVMのパラメータとして扱うことを表す"-vmargs"を指定します。

eclipse.exe -vmargs -Xms512M -Xmx512M